西暦2147年、サイバーパンク都市ネオ・X。エリートハッカーのレナは、モデラーのカエルとともに浮遊都市に潜入し、ジェネシス社によってAIの器とされてしまった妹のミアを救い出す。反体制派の支援を受け、レナはヴィヴィアンと対峙し、盗んだコードで同化用メインフレームをクラッシュさせ、ミアをAIの支配から解放する。街は強制改造法を廃止し、永遠の雨が切れ、太陽の光が差し込み、自由と平等の新たな時代が幕を開ける。